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la faculté des sciences et technologies

Enjeux

L'analyse et la compréhension du monde du vivant requièrent des approches intégratives et prédictives, qui tiennent compte de la complexité et de la dynamique des systèmes biologiques. Pour mieux comprendre ces processus complexes, il est essentiel de cartographier en temps réel les interactions et les flux d'informations à travers les différents niveaux d'organisation du vivant, des molécules organismes dans leur intégralité.

Axes scientifiques

Bloc chirurgical du futur

La chirurgie est la première ligne de traitement dans beaucoup de pathologies (e.g. cancer, maladies inflammatoires chroniques, greffes,…). La chirurgie de demain se veut moins invasive et personnalisée. Relever ce défi fait appel à des développements inter et transdisciplinaires de nouvelles technologies adossées à l’IA et en lien étroit avec les cliniciens. La capacité de recueillir et traiter des données en peropératoire directement in vivo et en temps-réel et de les redéployer pour guider la chirurgie est la voie que doit prendre la chirurgie de précision. Par ailleurs, le développement de matériaux innovants améliorant la cicatrisation et permettant la reconstruction, ou de traitements par photothérapie laser réalisés in situ, ont pour objectif de rendre la chirurgie plus efficiente et moins invasive. Enfin, les aspects liés aux capteurs et permettant de suivre les patients fournira des données qui permettront ou suivi et une thérapie via, par exemple, de la robotique moléculaire.

Comprendre des interactions biologiques commensalisme - symbiose – parasitisme

Tous les organismes vivants ont développé un large éventail d’interactions biologiques pouvant être mutuellement bénéfiques (commensalisme, mutualisme) ou au contraire antagonistes (compétition, prédation, parasitisme). Ces interactions sont régulées par une série de processus biologiques déterminés par des facteurs génétiques et environnementaux qui ont conduit au développement d’une multitude de processus de reconnaissance au niveau moléculaire. Ainsi, un parasite devra adhérer aux ligands de surfaces de son hôte, envahir ses cellules en digérant la matrice extracellulaire, s’évader du système immunitaire et se répliquer au dépend de son hôte. Au contraire, les partenaires symbiotiques devront mettre en place des systèmes moléculaire d’échanges de nutriments et de protection mutuelle (production de molécules antimicrobiennes) bénéfiques à leur survie. Bien que divers, ces processus ont souvent des origines moléculaires communes. Ce défi à pour objectif général de comprendre l’origine des mécanismes moléculaires, génétiques et écologiques qui sous-tendent les interactions cellulaires entre les êtres vivants (animaux, végétaux, bactéries, champignons, virus etc) dans des contextes biologiques variés, qu’ils soient pathologiques ou non. Il implique des équipes et des plateformes maitrisant des modèles biologiques et écologiques divers, des approches de biologie cellulaire, moléculaire et computationnelle, des techniques d’analyse chimique et biophysique. 

Alimentation du futur et santé digestive

L’objectif est de mettre en commun les expertises des laboratoires de la FST de manière à mettre au point/valider des tests in vitro complexes et pertinents qui permettront de réduire l’expérimentation animale et de mieux comprendre les mécanismes sous-jacent à la transformation des aliments, à leurs interactions avec l’environnement intestinal et de faire le lien avec différentes pathologies métaboliques et ou chroniques dans un intérêt de compréhension des mécanismes physiologiques mis en œuvre, mais aussi de diagnostic et de prévention. Dans cette action, l’idée est de combiner et complexifier des modèles existants ou à mettre au point, ainsi que de traiter et modéliser ces données de manière à proposer un système intégré de la bouche à l’intestin en prenant en compte l'aspect microbiote.

Canalopathie

Les progrès récents de la médecine moderne ont montré que de nombreuses pathologies (mucoviscidose, myotonies, hypertension, etc.) sont en fait des canalopathies, c'est-à-dire des altérations de l’expression, de la structure et/ou de la fonction d'un canal ionique. 15% environ des médicaments existants ciblent des canaux ioniques, illustrant parfaitement leur importance lors de la prise en charge de très nombreuses pathologies humaines. Un nombre croissant d’études montrent que le développement de certains cancers pourrait également impliquer de telles altérations des canaux ioniques, faisant des cancers des canalopathies à part entière. Ces travaux prouvent que les canaux ioniques constituent des cibles diagnostiques et thérapeutiques d’intérêt pour de nombreuses maladies. Cependant, une approche interdisciplinaire est nécessaire pour comprendre le rôle exact des canaux ioniques et des voies de signalisation associées dans l’apparition et l’éventuelle résistance aux traitements des canalopathies, ce dernier point représentant un enjeu majeur lors de la prise en charge du cancer.

Améliorer la qualité des soins de santé et des diagnostics

  • Développement d’une nouvelle génération d’implants neuronaux embarqués pour le traitement des maladies neurodégénératives.

  • Spectroscopie Terahertz d'air expiré couplé à l'IA pour une approche non-invasive pour le diagnostic précoce et le suivi personnalisé de maladies infectieuses et respiratoires.

  • Amélioration de la précision du processus de dépistage de médicaments : Système d’aide à l’analyse microscopique de cultures cellulaires 3D assistée par l’intelligence artificielle.

  • Electrode en film mince pour stimulation de la cochlée et système de robotisation d'un implant cochléaire par addition d'actionneurs et capteurs polymères.

  • Microcapsule pour le traitement local dans le cerveau : système de navigation et microréservoir a délivrance de médicament.

  • Peau électronique pour une identification de la position du pied dans la chaussure ou d'un moignon dans une prothèse.

  • Dispositif opto-fluidique pour le développement de Médicaments de Thérapies Innovantes

IA dans le diabète de type 1 et activité physique

L’activité physique, même quotidienne, est associée à un risque élevé de faire un épisode hypoglycémique (qui peut conduire à la perte de connaissance) ou, dans certaines conditions d’exercice (selon son intensité, le niveau de stress…), d’être en hyperglycémie, chez les personnes vivant avec un diabète de type 1. Ces variations ‘extrêmes’ de la glycémie pourraient être à l’origine des altérations de la fonction endothéliale des vaisseaux mettant en jeux stress oxydant, inflammation, des modifications de la glycosylation des protéines intracellulaire. Notre hypothèse est que ces variations glycémiques occasionnées lors des sessions d’exercice pourraient in fine limiter l’obtention des effets positifs vasculaires habituellement attendus de l’activité physique régulière. Le but de ce projet est de développer des outils afin de mieux anticiper ces variations glycémiques et de les prévenir.

  1. Comprendre l’impact vasculaire des variations glycémiques à l’exercice (et notamment le rôle de la O-GlcNacylation de protéines clés) et déterminer les excursions glycémiques les plus néfastes (seuils, sens). Cette étape couplera des mesures sur l’homme avec un diabète de type 1 lors d’exercices standardisés, à différents seuils glycémiques, et des expérimentations sur culture cellulaire pour accéder aux mécanismes (sur la plateforme EURASPORT, URePSSS).

  2. Développer des algorithmes de prédiction des variations glycémiques en fonction des caractéristiques de l’exercice (durée, modalité, intensité, type, moment de la journée…) et de facteurs connus pour influencer la glycémie comme l’insuline active, l’alimentation, le stress psychologique… Cette étape combinera des approches mathématiques et d’intelligence artificielle (développées au CRISTAL) en s’appuyant sur des données de vie réelle récoltées à grande échelle par l’URePSSS (données de capteurs de glucose en continu, couplées à des accéléromètres et cardiofréquencemètre, pompes à insuline…).

TransOnco

Les thérapies contre les formes avancées des cancers ont fait un bond d’efficacité cette dernière décennie grâce notamment au recours de plus en plus fréquent aux thérapies ciblées et l’amélioration des protocoles de chimiothérapies, permettant une transition vers une médecine dite de précision. Le gain pour les patients se concrétise par une augmentation de l’espérance de vie avec un cancer et une amélioration de la qualité de vie. Cependant, les rechutes suite à ces traitements sont quasiment systématiques, faisant succéder des phases de rémissions à des phases de récidive aux conséquences dramatiques. Cette succession rémission/récidive crée pour les patients, les soignants et les chercheurs une situation inédite qui doit être prise en compte.

Notre projet TransOnco a pour objectif d’accompagner les transitions sociétales, économiques et biologiques induites par l’efficacité et les limites des thérapies antitumorales qui créent ces phases de rémission/récidive. Nous nous appuierons notamment (i) sur l’organisation interdisciplinaire de l’Institut ONCOLille regroupant des médecins, biologistes, physiciens, mathématiciens, psychologues et économistes de la santé des sept unités de recherche Lilloises dédiées à la lutte contre le cancer, (ii) sur les plateaux techniques de pointe présents au sein de l’institut ONCOLille et (iii) sur notre interaction directe avec les services hospitaliers et l’accès aux cohortes de patients du CHU de Lille.