La formation à et par la recherche en informatique est du ressort de l'Ecole doctorale MADIS (Mathématiques-Sciences du numérique et de leurs interactions) du Collège doctoral de l'Université de Lille. Cette formation à et par la recherche est adossée aux laboratoires de recherche en informatique, notamment l'UMR CRIStAL et le centre de recherche Inria Lille - Nord Europe.

Adossé à ces structures, les masters mention Informatique, Data Scicence, Bioinformatique et MIAGE contribuent à assurer cette formation dans chacune de leurs spécialités, permettant un accès aux métiers de la recherche via une poursuite en thèse de doctorat. Les masters initient à la recherche et à l'innovation à travers des enseignements permettant l’acquisition d’un savoir et d’un savoir-faire dans différents domaines, des projets et stages effectués en laboratoire de recherche, et des séminaires dispensés par des chercheurs et des industriels.

La formation à et par la recherche en informatique s'appuie également sur les pôles de compétitivité de la région Nord Pas-de-Calais, notamment les pôles PICOM (Industries du Commerce) et I-Trans (transport ferroviaire) dans sa dimension systèmes de communication et systèmes embarqués ou encore le pôle Nutrition-Santé-Longévité. Dans la dynamique de ces pôles de compétitivité, se développent des recherches partenariales entre l’Université de Lille et les entreprises de la région. Ces partenariats sont autant d’opportunités offrant une formation à la recherche appliquée, à l’innovation et au transfert technologique.